Evangelion:3.0+1.01 THRICE UPON a TIME มิซาโตะและกลุ่มต่อต้าน NERV ที่มีชื่อว่า WILLE ได้มาถึงปารีส เมืองซึ่งถูกครอบงำโดยการกลายเป็นแกนพลังงานที่ทำให้ท้องฟ้ากลายเป็นสีแดง อุปกรณ์จากเรือธง Wunder ลงจอดที่หอคอยรักษาความปลอดภัย เพื่อทำภารกิจสำคัญในการปกป้องโลกจากการถูกคุกคาม